Un millier d’analyses réalisées en moins de 18 mois sur la plateforme commune de Gustave Roussy et d’IntegraGen

Les profils moléculaires des patients ont été réalisés en moins de trois semaines et exploités dans le cadre des grands essais de médecine personnalisée menés à Gustave Roussy, tels que MOSCATO ou MAPPYACTS. Ce succès démontre la capacité des équipes à séquencer, en routine, l’ensemble de l’ADN (exome) et l’ARN (transcriptome) tumoral pour la recherche clinique.

Lancée en mai 2014, la plateforme de séquençage, exploitée par IntegraGen au sein de Gustave Roussy, a permis d’identifier l’ensemble des mutations génétiques à partir de l’ADN et de l’ARN extraits de tumeurs de 400 patients et d’orienter leur prise en charge vers les thérapies les plus adaptées. Les premiers résultats de ces analyses ont été présentés lors de la première conférence MAP (Molecular Analysis for Personalised therapy), les 23 et 24 octobre derniers à Paris.

Sur les 300 premières analyses présentées lors de la conférence MAP, la plateforme de séquençage se révèle aussi sensible (94 %) que la méthode classiquement utilisée qui consiste en l’analyse ciblant un panel de 75 gènes. De plus, sur l’analyse des premiers cas, le séquençage complet de l’exome apporte 38 % de données d’intérêt clinique en plus de l’analyse ciblée, ainsi que de nombreuses autres anomalies génétiques identifiées à partir de l’analyse de l’ARN et non disponibles auparavant. La plateforme fournit donc des informations sur des marqueurs qui sont le reflet de l’activation biologique des tumeurs ou sur la charge mutationnelle qui indique la présence de néo-antigènes dans les tumeurs. Plus la charge est élevée, plus la tumeur risque d’être difficile à traiter. L’analyse des marqueurs permet de rationaliser le choix d’une stratégie thérapeutique et d’orienter le patient vers la meilleure stratégie de médecine personnalisée. L’objectif est d’optimiser la prise en charge des patients atteints de maladies avancées afin de définir des traitements plus ciblés et mieux adaptés.

Des délais compatibles avec la prise de décision thérapeutique

Avec des résultats d’analyses rendus en moins de trois semaines, les cliniciens peuvent, dans des délais compatibles avec la prise de décision thérapeutique, inclure des patients dans des essais de médecine personnalisée et orienter ceux-ci vers les traitements les plus adaptés au profil génomique de leur tumeur. À Gustave Roussy, la majorité des patients inclus dans un essai clinique de phase I peuvent en bénéficier.

Promouvoir et développer l’usage de la plateforme

Gustave Roussy et IntegraGen souhaitent désormais passer à une deuxième étape de leur partenariat. Ils prévoient de développer l’usage de la plateforme, d’une part en élargissant l’accès à de nouveaux types d’essais, y compris des projets dans le domaine de l’immuno-oncologie et l’étude de néo-antigènes. D’autre part, les deux acteurs travaillent, en partenariat avec l’Inserm et Sogeti High Tech, à l’amélioration de l’interface informatique à destination des biologistes et des cancérologues à travers le projet ICE (Interpretation of Clinical Exome) dont l’objectif est de développer un logiciel scientifique d’assistance à l’interprétation des données issues du séquençage génomique et rendre ainsi ce type d’examen accessible à la majorité des laboratoires.

D’après un communiqué d’IntegraGen