Des gènes de résistance aux antibiotiques ont été identifiés dans le microbiote intestinal grâce à une nouvelle méthode bioinformatique de prédiction de fonction des gènes développée par des équipes des hôpitaux Beaujon et Bichat Claude-Bernard AP-HP, de l’Inra (MetaGenoPolis), de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, des universités Paris Diderot et Paris-Saclay (Ruppé et al., Nat Microbiol. 2019 Jan;4(1):112-123  ). Cette méthode de prédiction « in silico » est basée sur l’analyse de la structure tridimensionnelle des protéines codées par les gènes.

 

Six groupes d’individus ont pu être identifiés en fonction de leurs gènes de résistances. Appelés « résistotypes », ils sembleraient être connectés aux entérotypes existants. Les chercheurs ont observé que l’exposition aux antibiotiques influait sur l’abondance des gènes de résistance dans le microbiote intestinal : lors d’une exposition longue et chronique, leur nombre augmente, alors qu’il diminue lors d’une exposition courte et forte (dans les deux cas, la composition du microbiote est altérée).

 

Il semblerait que le transfert gènes de résistance aux antibiotiques identifiés vers des bactéries pathogènes reste un évènement rare. Ces gènes pourraient donc être bénéfiques, en protégeant les bactéries non pathogènes et par conséquent leur hôte de l’impact des antibiotiques.