Le dépistage systématique des variants contesté

Alors que la marche à suivre pour identifier au plus vite les variants en circulation a été publiée par la DGS le samedi 23 janvier et mise à jour le 7 février,  la SFM (Société Française de Microbiologie) relaie un courrier à destination des instances nationales (Ministère de la Santé et des Solidarités ; Direction Générale de la Santé ; Haute Autorité de Santé ; Santé Publique France ; Centre National de Référence Virus respiratoires Institut Pasteur ; Centre National de Référence Virus respiratoires CHU Lyon) concernant la stratégie de suivi des variants de SARS-CoV-2, proposé à l’instigation du réseau ARNS MIE AC43 et co-signé par 244 biologistes médicaux affiliés à de nombreux hôpitaux, dont l’Assistance publique-hôpitaux de Paris, les CHU de Lille, de Nantes, de Lyon ou encore de Strasbourg).
« Les décisions récentes qui ont été prises quant au criblage de variants par des techniques de RT-PCR spécifiques nous semblent peu adaptées pour la gestion optimale de la résurgence que connaissent actuellement de nombreux départements français » indiquent les signataires, arguant, entre autres, que « la mise en place d’un criblage exhaustif et de qualité dans un délai très court paraît illusoire ». En effet, outre le risque important de contamination dans les laboratoires réalisant les prélèvements, cibler « quelques variants génétiques en ne testant que quelques positions du génome fait courir le risque de ne pas détecter une souche particulière qui pourrait ne pas être identifiée par le test utilisé et pourrait cependant présenter des caractéristiques importantes à considérer ». D’autres stratégies seraient donc à privilégier telles que « des études ponctuelles et répétées sur la circulation de quelques virus (type Flash-COVID) » ou encore « la mise en place de façon coordonnée du séquençage du génome viral complet » qui « doit être promue pour identifier rapidement des souches particulières qui nécessairement émergeront au fil du temps, en particulier suite à la vaccination de masse ».