Pneumonie : utiliser le microbiome respiratoire comme biomarqueur

La pneumonie, qu’elle soit virale, bactérienne ou fongique, représente un défi majeur pour la santé mondiale. Cette maladie est l’une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde, représentant un fardeau clinique et économique et un problème de santé publique globale. Une récente étude menée par l’Institut Pasteur, en collaboration avec le CNRS, a examiné comment les micro-organismes respiratoires influencent la gravité de la pneumonie bactérienne, en se concentrant sur Legionella pneumophila.

Les chercheurs ont suivi un groupe unique de 38 patients hospitalisés atteints de pneumonie causée par Legionella pneumophila. Ils ont analysé la diversité et la composition du microbiome des voies respiratoires de ces patients tout au long de leur hospitalisation.En utilisant le séquençage à haut rendement des gènes marqueurs microbiens, l’équipe a surveillé l’évolution des micro-organismes au cours de l’infection et des interventions associées à l’hospitalisation (ventilation mécanique, prise d’antibiotiques, etc.).

Différents biomarqueurs possibles

L’étude a révélé une dynamique complexe du microbiome, où coexistent des micro-organismes commensaux et pathogènes. Au début de l’hospitalisation, le microbiome des patients présente une baisse de diversité, et Legionella pneumophila est éliminée grâce à l’antibiothérapie. Cependant, d’autres espèces opportunistes, souvent résistantes aux antimicrobiens, prennent rapidement le relais, ce qui souligne l’importance de la prévention des infections secondaires. Les microbiotes respiratoires avec des charges bactériennes et fongiques plus élevées montrent une plus grande diversité et une augmentation de la pathogénicité. Cette observation suggère que la biomasse élevée pourrait servir de biomarqueur pour les infections secondaires. La quantification de Legionella est corrélée à la gravité de la maladie et aux comorbidités, suggérant son utilisation potentielle en soins cliniques. Cette étude met en lumière l’importance du microbiome respiratoire dans la pneumonie causée par Legionella. L’évaluation du microbiome chez les patients atteints de pneumonie bactérienne et la quantification du pathogène peuvent aider à prédire l’évolution de la maladie et à adapter le traitement en conséquence.

Référence
The respiratory tract microbiome, the pathogen load and clinical interventions define severity of bacterial pneumonia, Cell Reports Medicine, 25 août 2023

Pour en savoir plus sur la légionellose
La fiche maladie de l'Institut Pasteur