Surveillance épidémiologique des variants

Episeq de bioMérieuxest une plate-forme informatique de séquençage et de calcul sur le cloud lancée en 2019 pour l’analyse des données de séquençage nouvelle génération (NGS). La première application Episeq CS est dédiée au suivi des infections nosocomiales bactériennes. La seconde, Episeq 16S, a pour vocation d’étudier le lien entre microbiome et santé humaine. Episeq SARS-CoV-2 est la troisième application. Lancée à l’échelle mondiale, elle compatible avec les plateformes de séquençage llumina, Oxford Nanopore, Thermo Fisher et est destinée à identifier les variants à partir d’échantillons positifs. Mise à jour automatiquement chaque semaine, la plateforme identifie les variants sur la base des nomenclatures internationales (Pango et NextStrain), en particulier lesnouveaux variants préoccupants tels qu'ils sont définis par l'Organisation mondiale de la santé et les Centers for Disease Control and Prevention(CDC) américains. Episeq SARS-CoV-2 « permet l'analyseet l’interprétationdesdonnées produitesparséquençagesans nécessiter de compétences particulières en bioinformatique ni d'investissements matériels importants »expliqueMark Miller, Directeur Exécutif, Affaires Médicales.