Actualisation de la doctrine de criblage

Un DGS urgent n°2021_131 paru le 17 décembre 2021 précise les nouvelles modalités de la stratégie de criblage systématique des tests RT-PCR positifs, mise en place en février 2021. Ainsi, depuis le 31 mai, Les kits de criblage recherchent 3 mutations : E484K (A) : substitution d’intérêt pour la thérapie par anticorps monoclonaux ; E484Q (B) : substitution d’intérêt pour la thérapie par anticorps monoclonaux ; L452R (C) : mutation associée à la transmissibilité très élevée de Delta.

A partir du 20 décembre, pour tenir compte de l’émergence du variant B.1.1.529 dit Omicron, les mutations recherchées seront les suivantes : E484K (A) + L452R (C) + K417N OU del69/70 OU S371L-S373P OU Q493R (D). En effet, les mutations spécifiques du variant Omicron dans le contexte actuel sont : substitution K417N, qui semble être une mutation clé informant sur d’autres variants passés et potentiellement futurs ; Délétion 69/70, associée à une perte de certains sites de neutralisation (fixation d’anticorps neutralisants), possible échappement immunitaire et une perte d’efficacité vaccinale ; Substitution S371L-373P, association spécifique d’Omicron (sous-lignage majoritaire BA.1) et Substitution Q493R : mutation d’intérêt pour la thérapie par anticorps monoclonaux.

Par ailleurs, l’indication de criblage évolue, seuls les prélèvements avec un Ct inférieur ou égal à 30 feront désormais l’objet d’un criblage systématique. Le séquençage des prélèvements dès lors qu’une mutation portée par Omicron est détectée (D1) est suspendu. Enfin, l’outil d’aide au paramétrage des systèmes d’informations des laboratoires a été mis jour avec le déploiement de la lettre « D » d’identification du résultat de suspicion du variant Omicron par criblage. A terme, SI-DEP ne devra collecter que des résultats sous la forme AxBxCxDx. (Pour rappel 0 : absence ; 1 : présence ; 8 : ininterprétable ; 9 : non recherché). De plus, à partir du 20 décembre, chaque saisie de résultat devra tenir compte de l’absence de recherche de la mutation E484Q (B9).

Cette nouvelle doctrine de criblage fera l’objet d’une réévaluation au 20 janvier.