Afroscreen : Bilan positif pour le réseau de surveillance génomique en Afrique

Avec la pandémie de Covid-19, le sous-équipement de l’Afrique en matière de surveillance et de séquençage génomique des agents pathogènes a été mis en lumière. Un consortium s’est formé pour améliorer cette situation et a créé en 2021 le projet Afroscreen :

• 25 laboratoires ou centre de recherche dans 13 pays d’Afrique subsaharienne (+Madagascar)
• 3 institutions de recherche partenaire (IRD, Institut Pasteur, ANRS/maladies infectieuses émergentes)
• et 10 M€ de budget porté par l’Agence Française pour le développement

ont permis de construire un premier réseau désormais mobilisable.

Un enjeu majeur

La mise en place d’un réseau de surveillance et de séquençage est un outil de santé publique essentiel pour détecter et endiguer les agents pathogènes à potentiel épidémique. Le séquençage génomique permet d’identifier les pathogènes, de suivre l’émergence et l’impact de variants, et d’adapter les politiques de santé publique en conséquence.

Les 29 et 30 mai 2024 a eu lieu à Dakar au Sénégal le « Colloque régional AFROSCREEN : un réseau de surveillance génomique des pathogènes émergents ». À cette occasion se sont réunis partenaires, représentants du CDC Afrique et de l’OMS, autorités sanitaires des pays concernés et bailleurs de fonds internationaux. Le colloque a permis de dresser le bilan des acquis scientifiques et techniques du projet et de discuter des perspectives futures permettant de capitaliser sur ce réseau.

Un réseau mobilisable

Le bilan est très positif, le travail entamé a permis :

• d’améliorer les capacités de détection et de séquençage du SARS-CoV-2 des 21 laboratoires du réseau en fournissant des équipements (séquenceurs, réactifs, matériel de laboratoire). Le renforcement des capacités des laboratoires a ainsi contribué à l’augmentation du nombre de séquences déposées sur GISAID par les pays (environ 10 000 séquences déposées) ;
• de former plus de 150 personnes en charge du séquençage, de l’analyse et du partage des données, parmi lesquelles des biologistes, techniciens, data managers, bio-informaticiens et personnels en charge de la surveillance et des investigations épidémiologiques ;
• de créer et animer le réseau des laboratoires partenaires d’AFROSCREEN composé de 25 partenaires répartis dans 13 pays d’Afrique ;
• de mettre en place, réactiver ou soutenir 77 sites sentinelles dans 11 pays pour la réalisation d’enquêtes épidémiologiques et de collectes d’échantillons ainsi que pour la surveillance du SARS-CoV-2 et de ses variants.

Ce réseau est désormais mobilisable rapidement en cas d’émergence ou de réémergence de pathogènes à fort potentiel épidémique au-delà du SARS-CoV-2 : grippe, Mpox, dengue, Lassa, chikungunya, Marburg, etc.

Pour rappel

Fin octobre 2021, sur les 4 600 000 séquences partagées sur l’outil public et gratuit GISAID au niveau mondial, seules 49 000 provenaient du continent africain, soit moins d’1% des cas de Covid-19 diagnostiqués sur ce continent.